财政部针对审计署发现的地方政府新增隐性债务和违规使用专项债的问题，采取了一系列整改措施。其中，将违规新增隐性债务纳入政府隐性债务统计系统，并采取多种方式化解隐性债务风险。对于专项债管理问题，财政部督促各地加强专项债券项目收入管理，调整项目融资平衡方案，强化发行前审核，防范偿付风险。此外，财政部还通过完善常态化监测机制、推进地方政府隐性债务和法定债务合并监管等方式，遏制隐性债务增长，推动地方稳妥化解存量债务风险。