从头设计到局部精修：ProteoCraft 探索可控蛋白质设计

斯坦福大学 X-lab 和 SNAP 实验室联合发布蛋白设计框架 ProteoCraft，提出「提案 — 验证」搜索方案，通过近似梯度给出序列修改方向，以完整结构预测验证候选，再经两阶段蒙特卡洛树搜索组织多位置广泛探索与单点局部精修，同时支持蛋白从头设计与限定区域局部改造。多轮计算基准测试显示其独立 AF2-IG 评估严格通过率达 86.2%，相同候选预算下树搜索的高置信度通过率为 Best-of-N 对照的 2.85 倍，优化后的 Big 配置可实现平均 3.57 倍端到端搜索加速且设计质量基本持平。湿实验中，PD-L1 微型蛋白设计的 35 个成功表达候选里有 29 个结合命中，命中率 82.9%，最佳候选 SPR 拟合 Kd 达 0.879nM，且命中候选序列多样性充足，免疫原性、脱靶风险相关评估表现良好。同时在 IFNAR2 靶点的微型蛋白、VHH 纳米抗体设计及局部 CDR 改造任务中也取得了相应验证结果。目前相关团队正基于该框架探索以功能为起点的免疫调控类蛋白质按需研发。